The abundance of prehistoric tell sites in the area between Domokos and Pharsala was noted by researchers as early as the beginning of the twentieth century. Archaeologists Wace and Thompson mentioned in 1912 a prehistoric site north of Vardali, and they may well have been referring to Koutroulou Magoula.

The excavation on the site started by the ΙΔ’ Ephorate of Prehistoric and Classical Antiquities of the Greek Ministry of Culture, under the direction of Nina Kyparissi-Apostolika, in 2001 and continued in the 2002, 2004-2006, and 2008-2009 seasons. 

Unofficially in 2009 and officially in 2010 the “Program of Archaeology and Archaeological Ethnography at Koutroulou Magoula” was launched,  a synergasia between the University of Southampton and the Greek Ministry of Culture (Ephorate of Antiquities of Fthiotida & Evrytania and Ephorate of Paleoanthropology & Speleology of Southern Greece) under the auspices of the British School at Athens and directed by Nina Kyparissi-Apostolika & Yannis Hamilakis. 

Between 2017 and 2022 the program continued as a collaboration between between the Greek Ministry of Culture (Ephorate of Antiquities of Fthiotida & Evrytania)  and the Joukowsky Institute for Archaeology & the Ancient World at Brown University, the University of Liverpool (regarding the 2017 season) and the University College London (since 2018), under the auspices of the British School at Athens, and with the direction of Nina Kyparissi-Apostolika, Yannis Hamilakis & Vassilis Tsamis.

Since the 2022 the program has been conducted as a collaboration of the Greek Ministry of Culture (Ephorate of Antiquities of Fthiotida and Evrytania) and the Joukowsky Institute of Archaeology and the Ancient World at Brown University, under the direction of Nina Kyparissi-Apostolika and Yannis Hamilakis.

Η αφθονία των προϊστορικών οικισμών (μαγούλες) στην περιοχή μεταξύ του Δομοκού και των Φαρσάλων είχε παρατηρηθεί από ερευνητές ήδη από τις αρχές του εικοστού αιώνα. Οι αρχαιολόγοι Wace και Thompson αναφέρουν, το 1912, μία προϊστορική θέση βόρεια της Βαρδαλής, η οποία πιθανότατα είναι η Κουτρουλού Μαγούλα.

Η έρευνα στη θέση ξεκίνησε το 2001 ως ερευνητικό πρόγραμμα της αρχαιολογικής υπηρεσίας, από την τότε ΙΔ’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, υπό τη διεύθυνση της Νίνας Κυπαρίσση-Αποστολίκα, και συνεχίσθηκε για τις περιόδους 2002, 2004-2006 και 2008-2009. 

Ανεπίσημα το 2009 και επισήμως το 2010 ξεκίνησε το «Πρόγραμμα Αρχαιολογίας και Εθνογραφικής Αρχαιολογίας στην Κουτρουλού Μαγούλα» στο πλαίσιο μιας συνεργασίας του Πανεπιστημίου του Southampton και του Υπουργείου Πολιτισμού (και συγκεκριμένα της Εφορείας Αρχαιοτήτων Φθιώτιδας & Ευρυτανίας και της Εφορείας Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας) υπό την αιγίδα της Βρετανικής Σχολής Αθηνών και υπό τη διεύθυνση των Νίνα Κυπαρίσση-Αποστολίκα & Γιάννη Χαμηλάκη. 

Μεταξύ του 2017 και του 2022 το πρόγραμμα συνεχίστηκε ως μια συνεργασία μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού (Εφορεία Αρχαιοτήτων Φθιώτιδας & Ευρυτανίας), του Joukowsky Institute for Archaeology & the Ancient World του Πανεπιστημίου του Brown, του Πανεπιστημίου του Liverpool (όσο αφορά το 2017) και του University College London (από το 2018 έως σήμερα) υπό τη διεύθυνση των Νίνα Κυπαρίσση-Αποστολίκα, Γιάννη Χαμηλάκη & Βασίλη Τσάμη.

Από το 2022 το πρόγραμμα διεξάγεται ως μια συνεργασία μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού (Εφορεία Αρχαιοτήτων Φθιώτιδας & Ευρυτανίας) και του Joukowsky Institute for Archaeology & the Ancient World του Πανεπιστημίου του Brown υπό τη διεύθυνση των Νίνα Κυπαρίσση-Αποστολίκα & Γιάννη Χαμηλάκη